За участие в восстании в 1863 году был сослан в Сибирь, сначала в Омск, в 1871 году переехал в Иркутск. Черский составил первую подробную геологическую карту береговой полосы озера Байкал.

Публикуем статью Алексея Кухта, исследователя, работающего в теме белорусских повстанцев восстания 1834г. и 1861, отбывавших ссылку на территории Иркутской области:

Сёлета адзначаецца 175 гадоў з дня нараджэння Яна Чэрскага. У інтэрнэце знаходзім: "Ян Чэрскі (15 траўня 1845 — 7 ліпеня 1892, нізоўе ракі Калыма) — беларускі і расійскі геолаг, палеантолаг і географ, даследчык Сібіры, удзельнік паўстання Кастуся Каліноўскага". І хоць у некаторых крыніцах Яна Станіслава Францішка (такое імя атрымаў пры хрышчэнні наш супляменнік) называюць палякам, аднак маюцца дакладныя звесткі, што Чэрскі, нарадзіўшыся на Віцебшчыне, якая ўваходзіла ў ядро Вялікага Княства Літоўскага, сам назваў сябе ліцьвінам (у той час гэта быў палітонім беларусаў). Называе Чэрскага беларусам і Н. Сасноўская, былы дырэктар музея імя Я. Д. Чэрскага ў вёсцы Валынцы Верхнядзвінскага раёна — гэта паблізу ад месца нараджэння вучонага. Цяпер жа, наколькі нам вядома, там, на месцы маёнтка Свольня, усталявана памятная дошка. У змешчаным на ёй тэксце Ян Чэрскі названы "выдатным сынам зямлі беларускай". Своеасаблівым прызнаннем заслуг шляхціца-паўстанца і вучонага перад беларускім народам і сібіракамі можна лічыць і тое, што наша Іркуцкае таварыства беларускай культуры з гонарам носіць імя Яна Чэрскага. У 2015 годзе намаганнямі актывістаў на адной з вяршыняў горнае сістэмы Хамар-Дабан у Прыбайкаллі з'явілася мемарыяльная дошка ў гонар сасланых у Сібір удзельнікаў Паўстання 1863 года і асабіста Яна Дамінікавіча Чэрскага. Дошку мы ўсталявалі пад час традыцыйнага паходу беларусаў Іркуцка на пік Чэрскага. Гэта, нагадаю, адзін з найвышэйшых пунктаў хрыбта Хамар-Дабан, да таго ж адзін з найбольш папулярных горных турмаршрутаў Прыбайкалля. Паход мы прымеркавалі да 170-годдзя славутага даследчыка, і прайшлі па маршруце ўжо трэці раз. Першы паход быў, нагадаю, 10 гадоў таму, другі — у 2010-м. У тэксце мемарыяльнай дошкі на рускай і беларускай мовах згадваюцца Паўстанне 1863 года, высылка асуджаных на катаргу яго ўдзельнікаў, іхні ўплыў на жыццё Сібіры, а таксама асноўныя факты з біяграфіі Яна Чэрскага. Побач з тэкстам месціцца ягоны партрэт, паўстанцкі герб і схематычныя выявы, якія адлюстроўваюць лёс навукоўца — ад паўстанцкае зброі да навуковых дасягненняў.